علاوه بر مواد سلولی، گروهی از گیاهان و میکروارگانیسمها از طریق فرآیندهای دفع فعال متابولیک وارد محیط آب می گردند.
برای مثال متیل ایزو بورنئول (MIB) و ژئوسمین، باعث ایجاد بو و طعم کپک زدگی در سیستم های آبی میشوند که جلبکها و آکتینومیستها در آنها به وفور یافت میشوند؛که این با استفاده از روشهای تصفیه آب قابل اصلاح است.برخلاف موادی با منشأ بیولوژیکی،مواد شیمیایی نفتی به ندرت در آبهای سطحی یافت میشوند.درعوض،متان و هیدروکربنهای آلیفاتیک و آروماتیک با وزن مولکولی بیشتر،غالبا در آبهای زیرزمینی مناطقی وجود دارند که گاز و نفت طبیعی با سفرهی آب زیرزمینی در تماس میباشند. اندازه گیری و طبقه بندی مواد آلی طبیعی در طراحی تصفیه آب پیچیدگی مواد آلی طبیعی اندازهگیری مجزای این ترکیبات را غیرعملی میسازد.مواد آلی طبیعی با استفاده از پارامترهای کلی اندازه گیری میشوند.متداولترین پارامترها در تصفیه آب عبارتند از: کل کربن آلی(TOC)،کل کربن آلی محلول(DOC)،کربن آلی قابل جذب(AOC)،جذب ویژه UV(SUVA). به منظور انجام تحقیقات بیشتر مواد آلی طبیعی را میتوان با در نظر گرفتن خصوصیاتی از قبیل آبگریزی قطبیت یا وزن مولکولی جداسازی نمود.
ترکیبات آلی حاصل از فعالیتهای انسانی و حذف آن با سیستم های تصفیه آب
وجود ترکیبات آلی ناشی از صنایع،کشاورزی و پسابهای شهری در منابع تأمین آبمتداول بوده در در مقادیر کم در بسیاری از منابع یافت میشوند.