مواد آلی طبیعی به خاطر فعالیت های بیولوژیکی شامل ترشحات ناشی از فعالیت متابولیکی جلبک‌ها،تک یاخته‌ها،میکروارگانیسم‌ها و گونه‌های زنده‌ی تکامل‌یافته‌تر،تجزیه‌ی مواد آلی توسط باکتری‌ها و مدفوع ماهی‌ها و سایر ارگانیسم‌های آبزی در آب ایجاد می گردد
که حذف تمامی موارد گفته شده توسط دستگاه های تصفیه آب خانگی و تصفیه آب صنعتیامکان پذیر است .پیکره و مواد درون سلول‌های گیاهی و حیوانی نیز در تولید این مواد دخالت دارند.مواد آلی طبیعی همچنین می‌تواند از فرسایش خاک در مسیر آب حاصل شود.مواد آلی موجود در زمین از فعالیت‌های بیولوژیکی مشابه بهوجود می‌آیند، اما به خاطر وجود ارگانیسم‌های متفاوت و خاک دستخوش واکنش‌های متفاوتی می‌شوند.